La batalla por la Tierra ha terminado, pero la batalla por el universo acaba de empezar. Después de volver a Cybertron, Starscream asume el mando de los Decepticons, y ha decidido regresar a la Tierra con más fuerza. Los Autobots creen que la paz es posible, pero descubren que el cadáver de Megatron ha sido robado de las instalaciones militares de Skorpinox. Megatron revive valiéndose de su propia chispa y buscan venganza con más refuerzos Decepticon, los Autobots intentaran hacerles frente.